Evoluţia Secţiei de Istorie se confundă cu cea a Muzeului Brăilei. Ca muzeu ştiinţific, şi-a constituit o colecţie de instrumente şi aparate destinate laboratoarelor de fizică, multe dintre acestea regăsindu-se în inventarul Colegiului Naţional „Nicolae Bălcescu”, întrucât, o vreme, pe lângă fostul liceu a funcţionat şi instituţia muzeală. În patrimoniul secţiei, din vechea zestre, se află doar două alcoolmetre.
În 1955, în urma unei convenţii existente între Bulgaria şi România, se deschidea, la Brăila, Muzeul Memorial „Hristo Botev” (mai târziu, la titulatură se adaugă „Istorie”), sediul ales fiind cel al fostului han Ceapâru, unde, spun documentele, poetul şi revoluţionarul bulgar a locuit în anul 1871. Sălile destinate acestui eveniment cuprindeau o expoziţie foto-documentară cu aspecte din viaţa şi activitatea lui Hristo Botev şi câteva piese de mobilier, achiziţionate din Brăila, pentru a crea atmosfera epocii. În parcul din faţa muzeului era instalată statuia lui Hristo Botev, operă a sculptorului bulgar Nicolov.